Cái nôi sinh ra hạt ngọc trai là loài động vật nhuyễn thể như con sò, trai ngọc trên bờ biển và trai nước ngọt.
 
Có rất nhiều người xuất hiện ý nghĩ như sau: trai, sò càng lớn thì hạt ngọc trai bên trong càng to.
 
Thực tế không phải như vậy. Chỉ có kí sinh trùng sống kí sinh hoặc có vật bên ngoài xâm nhập vào trong cơ thể con sò, trai thì mới có thể có ngọc.
 
Thử tách một vỏ trai hoặc sò ra thì thấy tầng trong cùng của vỏ có ánh sáng rực rỡ nhất, nhấp nhánh màu sắc như hạt ngọc trai, đây gọi là "tầng trân châu", nó là chất trân châu do màng ngoài tiết ra cấu thành. Khi kí sinh trùng chui vào vỏ sò, vỏ trai cứng, để bảo vệ thì màng ngoài của con sò, con trai sẽ nhanh chóng tiết ra chất trân châu bao quanh kí sinh trùng này, như vậy, thời gian lâu dần sẽ hình thành ra hạt ngọc trai.
 
Có lúc khi một số hạt cát rơi vào trong con sò, con trai làm cho chúng nhất thời không có cách nào đẩy nó ra được, sau khi chịu nhiều sự kích thích đau đớn thì chúng đã nhanh chóng từ màng ngoài tiết ra chất trân châu để dần dần bao vây lấy nó.
 
Thời gian lâu dần, bên ngoài hạt cát được bao bọc bởi chất trân châu rất dày, và cũng đã biến thành một hạt ngọc trai tròn vo.
 
Loài động vật nhuyễn thể sản sinh ra hạt ngọc trai rất nhiều, có khoảng 20 - 30 loài. Hiện nay, người ta đã tổ chức nơi nuôi trồng nhân tạo ngọc trai, sau khi nuôi lớn, một số động vật nhuyễn thể (chủ yếu là trai ngọc), trong tổ chức kết đế màng ngoài cắm nhân vào vỏ trai, và trên nhân phủ một tấm màng ngoài nhỏ, qua một thời gian nhất định thì sẽ sinh ra hạt ngọc trai nhân tạo.
 
Trong các khu vực duyên hải và hồ lục địa ở Trung Quốc đều dùng biện pháp này để nuôi trồng ngọc trai. Ngoài ra từ nuôi trồng hạt ngọc trai bình thường người ta đã phát triển nuôi trồng hạt ngọc trai màu và hạt ngọc trai hình tượng.