Vi khuẩn trong hệ thống tiêu hóa giúp con người hấp thu các chất dinh dưỡng, chẳng hạn như đường phức tạp, được vi khuẩn chuyển hóa thành các dạng mà cơ thể có thể sử dụng. Một số vi khuẩn cũng giúp ngăn ngừa bệnh bằng cách chiếm những nơi mà vi khuẩn gây bệnh muốn gắn vào.Vi khuẩn được sử dụng trong sinh học phân tử, sinh hóa và nghiên cứu di truyền, bởi vì chúng có thể phát triển nhanh chóng và tương đối dễ thao tác. Các nhà khoa học sử dụng vi khuẩn để nghiên cứu cách thức hoạt động của gen và enzyme. Vi khuẩn cũng là nhân tố cần thiết trong bào chế thuốc kháng sinh.