Để chống lại quân xâm lược, nhân dân In-đô-nê-xi-a đã tiến hành cuộc chiến tranh du kích. Quân Hà Lan tuy chiếm được hoàng cung nhưng vẫn không chinh phục được A-chê. Tiếp đó là các cuộc khởi nghĩa ở Tây Xu-ma-tơ-ra (1873-1909), Ba Tắc (1878-1907), Ca-li-man-ta (1884-1886).
Phong trào đấu tranh của nông dân nổ ra mạnh mẽ. Điển hình là cuộc khởi nghĩa nông dân năm 1890 do Sa-min lãnh đạo.
Sa-min không thừa nhận nền thống trị của Hà Lan nên đã vận động nhân dân, chủ yếu là nông dân, chống lại những thứ thuế vô lí của bọn thực dân. Ông chủ trương xây dựng một đất nước mà mọi người đều có việc làm và được hưởng hạnh phúc. Ông đã tuyên truyền, động viên, tổ chức quần chúng nhân dân chống lại ách áp bức, bóc lột, bất công.
Phong trào công nhân cũng sớm hình thành với sự ra đời của các tổ chức: Hiệp hội công nhân đường sắt (1905), Hiệp hội công nhân xe lửa (1908)…Tháng 12-1914, Liên minh xã hội dân chủ  In-đô-nê-xi-a ra đời, nhằm tuyên truyền chủ nghĩa Mác trong công nhân, đặt cơ sở cho sự thành lập Đảng Cộng sản (5-1920). Giai cấp tư sản dân tộc, tầng lớp trí thức tiếp thu tư tưởng dân chủ tư sản châu Âu đóng vai trò nhất định trong phong trào yêu nước ở In-đô-nê-xi-a đầu thế kỉ XX.