Vì đa số muỗi sốt rét vào nhà đốt rồi nghỉ lại trong nhà nên các chương trình phòng chống sốt rét ở một số nước nhiệt đới coi trọng việc phun hóa chất có tác dụng diệt côn trùng kéo dài vào tường vách. Nhưng ở một số nước khác, tầm quan trọng của việc phun này đang có xu hướng giảm. Người ta cũng lưu ý nhiều hơn đến các biện pháp khác như dùng màn (mùng) tẩm hóa chất trong cộng đồng.
Có phương pháp mang lại kết quả lâu dài hay vĩnh viễn bằng cách loại trừ các ổ lăng quăng như sang lấp các ao, vũng nước chứa nhiều lăng quăng. Ngoài ra người ta cũng có thể loại trừ các ổ lăng quăng bằng cách vớt rong, cỏ hai bên bờ, khơi thông dòng chảy hoặc thả cá để ăn lăng quăng.
Các phương pháp phòng chống khác để ngăn cản sự tiếp xúc giữa muỗi và người như mặc quần dài, áo tay dài, thoa thuốc xua lên những nơi da hở, đốt nhang muỗi, dọn dẹp trong nhà gọn gàng. Đóng lưới tất cả các cửa sổ cũng như cửa ra vào và sử dụng quạt máy cũng phòng được muỗi đốt.