Hiệp ước có 12 điều khoản, trong đó có những khoản chính như: triều đình nhượng hẳn cho Pháp ba tỉnh miền Đông Nam Kì (Gia Định, Định Tường, Biên Hòa) và đảo Côn Lôn; bồi thường 20 triệu quan (ước tính bằng 280 vạn lạng bạc); triều đình phải mở 3 cửa biển : Đà Nẵng, Ba Lạt, Quảng Yên cho thương nhân Pháp và Tây Ban Nha vào tự do buôn bán; thành Vĩnh Long sẽ được trả lại cho triều đình Huế khi nào triều đình chấm dứt được các hoạt động chống Pháp ở ba tỉnh miền Đông.