* Dựa vào hình thức bón:
- Phân bón hóa học có thể bón trực tiếp vào đất, bón qua lá, hòa vào nước tưới hoặc ngâm ủ với hạt giống
- Phân bón hữu cơ phải bón trực tiếp xuống đất. Trường hợp đặc biệt như Pomio của PGS Hoàng Ngọc Thuận (dạng dung dịch) thì dùng để tưới 
- Phân bón vi sinh vật: ngâm, tẩm vào hạt giống hoặc rễ cây trước khi gieo trồng hoặc bón trực tiếp xuống đất. 
* Dựa vào mục đích bón:
- Sử dụng phân bón hữu cơ và phân bón hóa học đều nhằm cải thiện tính chất đất, thành phần dinh dưỡng trong đất. Cung cấp chất dinh dưỡng cho cây trồng
- Sử dụng phân bón vi sinh vật nhằm cải thiện hệ vi sinh vật trong đất. Thông qua hệ vi sinh vật này, tính chất đất, thành phần dinh dưỡng trong đất có sự cải tiến theo hướng có lợi về dinh dưỡng cho cây trồng.