Có 2 lí do:
- Một là do lớp màng nhầy lót bên trong thành ống tiêu hóa bảo vệ ống tránh khỏi tác động của enzim. Khi lớp màng bảo vệ nầy bị phá hủy, enzim bắt đầu ăn lan ra một phần của lớp màng lót, gây ra bệnh loét dạ dày (ulcer). Ða số trường hợp, sự loét phát sinh và phát triển do nhiễm một loài vi khuẩn đặc biệt là Helicobacter pylori.
- Hai là tuyến dạ dày không tiết ra enzim pepsin hoạt động mà tiết ra một tiền chất bất hoạt là pepsinogen. Tiền chất bất hoạt của enzim thường được gọi chung là các zymogen. HCl trong dịch vị sẽ biến đổi pepsinogen thành pepsin bằng cách cắt bỏ 42 acid amin từ một đầu của phân tử pepsinogen làm bộc lộ vị trí hoạt động của enzim. Vì acid và pepsinogen được tiết bởi hai loại tế bào khác nhau nên chúng không thể hòa trộn với nhau trước khi được tiết vào xoang vị. Khi pepsinogen được biến đổi thành pepsin hoạt động, chính pepsin lại có thể hoạt hóa các pepsinogen được thêm vào.