Quần đảo Trường Sa được gọi là “quần đảo bão tố” và thường xuất hiện các hiện tượng thời tiết cực đoan như giông, tố… Ngoài ra, vùng biển này có đặc điểm luồng lạch, địa hình, chất đáy có nhiều đặc thù và khác hẳn với khu vực ven bờ. Chính vì vậy, khi tàu thuyền hoạt động ở khu vực này thì công tác bảo đảm an toàn hàng hải luôn được đặt ra.

Một đặc điểm thời tiết nổi bật của quần đảo Trường Sa là hiện tượng giông khá phổ biến. Giông xảy ra rất nhanh và mạnh trong thời gian ngắn, vận tốc gió có thể giật tới cấp 9, gây nguy hiểm đối với tàu thuyền. Nguyên nhân hình thành giông là do sự nhiễu động khí quyển dưới tác động của nhiệt độ cao, từ đó xuất hiện đám mây Vũ tích (mây Cb) lan tỏa mạnh theo phương ngang ở độ cao thấp. Do hiện tượng này liên quan đến sự hình thành và phát triển của mây Cb, vì vậy để phòng tránh thiệt hại cần tổ chức quan sát đặc điểm và sự di chuyển của các đám mây Cb. Cụ thể, khi trên biển có khối mây phát triển theo chiều thẳng đứng, chân mây đen, tơi tả và đang “bùng” lên nhanh cần báo động toàn tàu chủ động phòng tránh giông. Nếu cảm nhận thấy có khả năng sinh giông dữ dội và điều kiện cho phép, cần điều khiển tàu tránh xa nó. Muốn vậy, cho tàu chạy xa khối mây theo phương nối từ đám mây đến vị trí tàu theo hướng rời xa khối mây. Chạy một thời gian nào đó, nếu thấy khối mây vẫn xích lại gần thì nhanh chóng chuyển hướng chạy vuông góc với hướng chạy cũ, lúc này tàu sẽ thoát ra được vùng ảnh hưởng của nó.

Trên vùng biển Trường Sa, một số bãi san hô, bãi cạn và bãi ngầm đã có các phao đánh dấu luồng và phao buộc tàu. Tuy nhiên do các luồng lạch ở đây thường chật hẹp, độ sâu thay đổi theo mùa sóng gió và có nơi nông sâu đột ngột, thông thường ở phía ngoài các bãi đá san hô có độ sâu rất lớn nhưng vào rìa bãi thì độ sâu giảm mạnh. Vì vậy, người điều khiển tàu nếu chưa thông thạo địa hình và điều kiện cho phép thì chỉ nên đi vào khu vực đảo và bãi đá san hô vào ban ngày, tốt nhất là từ 8 giờ đến 13 giờ đồng thời có thể tận dụng vào lúc thời tiết tốt để quan sát các đảo và bãi đá san hô nhờ màu sắc biến đổi rõ rệt của nước biển.

Vào những ngày lặng gió, ánh nắng mặt trời nhẹ thì mặt biển thường phẳng loáng trắng như gương nên không thể phát hiện được bờ thềm bãi đá và các đá mồ côi. Bởi vậy, tàu thuyền cơ động vào đảo, bãi đá thời điểm này cần phải thận trọng, nên sử dụng xuồng đi trước dò đường, sử dụng máy đo sâu và các thiết bị xác định vị trí tàu liên tục, chính xác để tránh mắc cạn. Vào những ngày biển động, sóng lớn đánh vào bờ cát, san hô làm nước biển viền quanh các đảo bị đục ngàu nên rất dễ bị nhầm với bãi cạn. Vì vậy, lúc điều động tàu thả neo cần phải sử dụng máy đo sâu và phải có phương pháp thả neo cho phù hợp.

Vành đai san hô bao quanh đảo có nơi cách chân đảo trên 1 km nên việc lên đảo cũng gặp nhiều khó khăn. Thông thường tàu đến các đảo và bãi đá san hô, tuỳ thuộc vào địa hình và hướng gió mà chọn nơi neo tàu, rồi từ đó làm công tác chuyển tải cho đảo hoặc các nhà lâu bền bằng xuồng công tác, xuồng cao su, xuồng chuyển tải do xuồng công tác kéo. Những ngày biển động, việc lên đảo và các nhà lâu bền lại càng khó khăn hơn vì xuồng phải vượt qua vành đai san hô bao bọc xung quanh trong điều kiện thời tiết sóng to, gió lớn. Các tai nạn nguy hiểm như lật xuồng, người rơi xuống nước thường xảy ra ở phần nước của vành đai san hô này. Vì vậy muốn vào đảo hoặc các nhà lâu bền được an toàn, các xuồng nên lựa theo vòng lượn của sóng, nghĩa là nếu muốn vào đảo phải chờ sóng cuộn từ sau tới, gối mũi xuồng trên ngọn sóng và lợi dụng tốc độ xuồng cùng tốc độ nhịp sóng để vào đảo. Khi vào gần mép đảo phải khẩn trương ném dây mồi cho lực lượng đón trên đảo để kịp thời kéo xuồng, chuyển tải lên cạn. Lúc này xuồng công tác khẩn trương cơ động ra ngoài để đề phòng mắc cạn. Trong trường hợp từ đảo ra biển thì xuồng công tác phải tiến thẳng đến ngọn sóng vừa tràn vào đảo và bãi san hô để lợi dụng khoảng cách yên sóng giữa hai nhịp sóng. Khi đủ khoảng cách để ném dây mồi, nhanh chóng ném đồng thời quay xuồng thả dài dây kéo dựa vào đợt sóng, sử dụng vận tốc lớn để kéo xuồng chuyển tải ra ngoài vành đai san hô. Trên tàu và trên đảo phải quan sát khu vực rìa san hô có sóng nhỏ và ít đá mồ côi hướng dẫn cho xuồng ra vào thuận tiện; tổ chức trực quan sát phát hiện các trường hợp tai nạn xảy ra với xuồng vào đảo như mắc cạn, hỏng máy, người rơi xuống nước… kịp thời sử dụng kíp xuồng cứu sinh dự phòng ra ứng cứu.

Đặc điểm địa hình tại một số khu vực trên quần đảo rất phức tạp nên các vị trí khi neo đậu tại các đảo không có bán kính an toàn. Do đó khi chọn vị trí neo chủ yếu là chọn độ sâu và chiều rộng phù hợp với yêu cầu nhiệm vụ. Đa số vị trí neo rất gần rìa san hô, nếu đổi gió tàu sẽ bị quay lái vào cạn. Vì vậy, khi neo đậu vẫn phải tổ chức phân ca trực như khi tàu hành trình để kịp thời xử lý các tình huống bất thường xảy ra.