Mặc dù sơ đồ tư duy là một công cụ hữu ích trong việc phân tích và tổ chức thông tin, nhưng nó cũng có một số nhược điểm như sau:

1. Có thể quá tập trung vào chi tiết: Khi tạo sơ đồ tư duy, người dùng có thể dễ dàng bị mất tập trung và mất thời gian vào các chi tiết không quan trọng, dẫn đến sơ đồ trở nên quá phức tạp và khó hiểu.

2. Không đảm bảo tính logic: Sơ đồ tư duy không đảm bảo tính logic trong những trường hợp người dùng tự tạo ra các liên kết sai lầm hoặc thông tin không chính xác. Điều này dẫn đến sự mất cân đối và không chính xác trong sơ đồ.

3. Không phù hợp cho các dữ liệu lớn: Sơ đồ tư duy có thể trở nên rất phức tạp và khó hiểu khi được sử dụng để phân tích dữ liệu lớn hoặc các hệ thống phức tạp.

4. Không thể thay đổi dữ liệu một cách dễ dàng: Khi sơ đồ tư duy đã được vẽ ra, việc thêm hoặc sửa đổi thông tin trên sơ đồ có thể trở nên rất khó khăn và dẫn đến việc cần phải vẽ lại toàn bộ sơ đồ.

5. Không phải là công cụ phân tích đa dạng: Sơ đồ tư duy có giới hạn trong việc áp dụng trong các trường hợp cần phân tích dữ liệu phức tạp và có tính đa dạng cao.

Nhược điểm của sơ đồ tư duy là :
-Không dễ dàng thay đổi, sửa chữa hay thêm hoặc bớt nột dung
-Khó sắp xếp, bố trí nội dung
-Không dễ dàng trong việc mở rộng, sửa chữa và chia sẻ cho nhiều ngườI