Nguyễn Trường Tộ trình lên vua Tự Đức bản điều trần đề nghị những điều sau đây:

1. Đề nghị cải cách hành chính: Nguyễn Trường Tộ đề xuất việc tạo ra một hệ thống quản lý hành chính hiệu quả và công bằng, loại bỏ sự tham nhũng và bất công trong việc bổ nhiệm quan chức.

2. Đề nghị cải cách tư pháp: Ông đề xuất việc tăng cường độc lập của hệ thống tư pháp, loại bỏ sự can thiệp của quan chức và gia đình hoàng gia trong quá trình xét xử và truy tố.

3. Đề nghị cải cách giáo dục: Nguyễn Trường Tộ nhấn mạnh việc cải thiện chất lượng giáo dục, đặc biệt là việc đào tạo nhân lực và phát triển khoa học kỹ thuật để nâng cao sự phát triển của đất nước.

4. Đề nghị cải cách kinh tế: Ông đề xuất việc thúc đẩy công nghiệp và thương mại, khuyến khích đầu tư nước ngoài và phát triển nông nghiệp hiện đại để tăng cường năng suất và cải thiện đời sống của người dân.

5. Đề nghị cải cách quân đội: Nguyễn Trường Tộ đề xuất việc tăng cường quân đội và nâng cao trình độ quân sự để bảo vệ đất nước khỏi sự xâm lược và đảm bảo an ninh quốc gia.

Tất cả những đề nghị này nhằm mục đích đổi mới đất nước, nâng cao đời sống của người dân và tạo ra một chính quyền công bằng và hiệu quả.