Kết quả lai trên có thể được giải thích bằng cách sử dụng nguyên lý phân li của Mendel.

Theo Mendel, mỗi gen có thể có hai dạng khác nhau, gọi là allel. Trong trường hợp này, gen quy định tính trạng của cây cà chua có thể có hai allel khác nhau.

Đặt allel quy định tính trạng hoa to là A, allel quy định tính trạng hoa nhỏ là a. Đặt allel quy định màu hoa vàng là B, allel quy định màu hoa trắng là b.

Cây cà chua tự phấn với nhau, nghĩa là cả hai cây đều có kiểu gen là AaBb. Khi lai hai cây cà chua này lại với nhau, ta có thể sử dụng quy tắc phân li của Mendel để tính toán tỉ lệ các kiểu gen trong F2.

Theo quy tắc phân li, ta có thể tạo ra bảng Punnett để tính toán tỉ lệ các kiểu gen trong F2:

Bb bb
Aa ABb Ab aBb ab
Aa ABb Ab aBb ab

Từ bảng Punnett trên, ta có thể tính toán tỉ lệ các kiểu gen trong F2 như sau:

- Tỉ lệ cây cà chua có hoa to và màu hoa vàng (ABb): 315 quả
- Tỉ lệ cây cà chua có hoa to và màu hoa trắng (aBb): 299 quả
- Tỉ lệ cây cà chua có hoa nhỏ và màu hoa vàng (Ab): 99 quả
- Tỉ lệ cây cà chua có hoa nhỏ và màu hoa trắng (ab): 112 quả

Từ kết quả trên, ta có thể suy ra rằng gen quy định tính trạng hoa to và màu hoa vàng có liên kết với nhau, trong khi gen quy định tính trạng hoa nhỏ và màu hoa trắng không liên kết với nhau.