Trong thế kỉ XVI, các quốc gia phong kiến ở Đông Nam Á bước vào giai đoạn suy thoái do nhiều nguyên nhân như xung đột nội bộ, sự mất cân đối trong thương mại với phương Tây và sự yếu kém về công nghệ và quân đội. Đồng thời, các thực dân phương Tây, như Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha, Hà Lan và Anh, đã xâm lược và chiếm đóng các vùng lãnh thổ ở Đông Nam Á.
Dưới ách đô hộ của thực dân phương Tây, tình hình chính trị, kinh tế, văn hoá - xã hội của các nước Đông Nam Á đã trải qua những thay đổi đáng kể. Chính trị, các quốc gia trở thành thuộc địa hoặc thuộc địa gián tiếp của các quốc gia châu Âu. Kinh tế, các nước bị khai thác tài nguyên và trở thành thị trường tiêu thụ cho hàng hóa của thực dân. Văn hoá - xã hội, các nước bị ảnh hưởng mạnh bởi văn hóa phương Tây, từ ngôn ngữ, tôn giáo, phong tục, tập quán cho đến kiến trúc và nghệ thuật.
Cuộc đấu tranh của nhân dân các nước trong khu vực chống lại ách đô hộ đã diễn ra theo nhiều hình thức khác nhau. Có những cuộc khởi nghĩa và cuộc chiến tranh chống thực dân, như cuộc khởi nghĩa Trịnh - Nguyễn ở Việt Nam, cuộc khởi nghĩa của Pangeran Diponegoro ở Indonesia. Ngoài ra, cũng có những phong trào yêu nước, vận động giải phóng dân tộc thông qua việc hình thành các tổ chức đấu tranh như Hội Việt Nam Cách mạng Thanh niên, Hội Bảo vệ Quyền lợi Công nhân Malaya, v.v. Cuộc đấu tranh này đã kéo dài suốt nhiều thập kỷ và đóng góp quan trọng vào quá trình giải phóng và độc lập của các quốc gia Đông Nam Á.