Khối lượng nguyên tử được coi như là khối lượng hạt nhân vì hạt nhân chứa hầu hết khối lượng của nguyên tử. Hạt nhân gồm các proton và neutron, trong khi các electron chỉ chiếm một phần rất nhỏ khối lượng của nguyên tử.

Proton và neutron có khối lượng tương đối lớn, trong khi electron có khối lượng rất nhẹ. Mỗi proton và neutron có khối lượng gần bằng nhau, và khối lượng của chúng được tính bằng đơn vị đo gọi là "đơn vị khối nguyên" (u). Một đơn vị khối nguyên tương đương với khối lượng của một proton hoặc neutron, và có giá trị xấp xỉ 1,67 x 10^-27 kg.

Vì hạt nhân chứa hầu hết khối lượng của nguyên tử, nên khi tính toán khối lượng nguyên tử, ta chỉ cần tính tổng khối lượng của các proton và neutron trong hạt nhân. Các electron không được tính vào khối lượng nguyên tử vì chúng có khối lượng rất nhẹ so với proton và neutron.

Do đó, khối lượng nguyên tử được coi như là khối lượng hạt nhân.