Ngay từ năm 1940, Pháp đã có những động thái khiến Đế quốc Nhật Bản xúc tiến từng bước để dần kiểm soát toàn Đông Dương. Theo Hiệp ước Tokyo 1940 thì Pháp chấp nhận hầu hết các yêu sách của Nhật, trong đó có các điều khoản liên quan đến việc Nhật có quyền chi phối nền kinh tế Đông Dương để thâu tóm miền Hoa Nam. Ngày 25 tháng 9 năm 1940, dù chỉ huy lực lượng vũ trang khá hùng hậu Pháp tỏ ra bất lực khi Nhật tấn công biên giới Việt - Hoa. Pháp tiếp tục phải nhượng bộ Nhật. Hiệp ước Tokyo 1941, ấn định Nhật là nước hưởng những ưu đãi đặc biệt tại Đông Dương. Chiếu theo đó, Nhật được sử dụng mọi phương tiện giao thông, kiểm soát hệ thống đường sắt, hàng hải ở các hải cảng ở Đông Dương với trọng tải 200.000 tấn. Nhật Bản cũng đòi Pháp phải dành 50% giá trị hàng hóa nhập khẩu và 15% xuất khẩu của Đông Dương cho các công ty thương mại của Nhật. Ngoài ra từ năm 1940 đến 1945, chính quyền thực dân Pháp phải nộp cho Nhật Bản một số tiền là 723.786.000 đồng để Pháp giữ chủ quyền. Mậu dịch quốc tế của Đông Dương trong mấy năm 1942–1943 hầu hết các mặt hàng xuất khẩu như than, kẽm, cao su, xi măng đều chở sang Nhật. Tính đến năm 1941, các ngành khai quặng chính ở Đông Dương như: mangan, sắt, phốt-phát, quặng crôm... tư bản Nhật chiếm gần 50% số vốn đầu tư của các công ty nước ngoài. Về quân sự, Pháp phải có trách nhiệm hỗ trợ Nhật khi Nhật tham chiến. Về chính trị quốc nội, Nhật từng bước giảm thiểu ảnh hưởng chính trị của Pháp và các phe nhóm thân Pháp.