Mô hình vườn ao chuồng không thể được gọi là quần xã sinh vật. Quần xã sinh vật là một hệ thống sinh thái tự nhiên, bao gồm các loài sinh vật và môi trường sống của chúng tương tác với nhau. Trong khi đó, mô hình vườn ao chuồng là một hệ thống do con người tạo ra để nuôi trồng các loại cây cỏ, thủy sản hoặc gia súc gia cầm.

Mặc dù mô hình vườn ao chuồng có thể tạo ra một môi trường sống cho nhiều loài sinh vật khác nhau, nhưng nó không phải là một quần xã sinh vật tự nhiên vì nó không phản ánh sự cân bằng tự nhiên giữa các loài và môi trường sống của chúng. Đồng thời, mô hình vườn ao chuồng thường được kiểm soát và quản lý bởi con người, không phải là một hệ thống tự nhiên hoàn toàn.