Nguyên nhân chính dẫn đến việc những giống cây trồng thụ phấn chéo như lúa, ngô thường bị phân hóa thành nhiều dòng với những đặc điểm khác nhau qua một số thế hệ là do sự kết hợp ngẫu nhiên của gen từ hai dòng genitor khác nhau trong quá trình thụ phấn chéo. Khi gen từ hai dòng genitor kết hợp với nhau, có thể tạo ra các hình thức gen mới, dẫn đến sự đa dạng gen và đặc điểm của cây trồng con. Điều này giúp tạo ra sự đa dạng gen và đặc điểm trong dòng cây trồng, từ đó giúp cây trồng có khả năng thích nghi tốt hơn với môi trường và điều kiện sinh thái khác nhau.