Để tính vận tốc trung bình của người đi xe máy trên cả quãng đường, ta thực hiện các bước như sau:

1. **Tính quãng đường trong mỗi đoạn:**

- Đoạn 1: Vận tốc = 40 km/h, thời gian = 1 giờ.
\[
D_1 = 40 \, \text{km/h} \times 1 \, \text{h} = 40 \, \text{km}
\]

- Đoạn 2: Vận tốc = 46 km/h, thời gian = 2 giờ.
\[
D_2 = 46 \, \text{km/h} \times 2 \, \text{h} = 92 \, \text{km}
\]

2. **Tính tổng quãng đường:**
\[
D_{total} = D_1 + D_2 = 40 \, \text{km} + 92 \, \text{km} = 132 \, \text{km}
\]

3. **Tính tổng thời gian:**
\[
T_{total} = 1 \, \text{h} + 2 \, \text{h} = 3 \, \text{h}
\]

4. **Tính vận tốc trung bình:**
\[
V_{tb} = \frac{D_{total}}{T_{total}} = \frac{132 \, \text{km}}{3 \, \text{h}} = 44 \, \text{km/h}
\]

Vậy vận tốc trung bình của người đó trên cả quãng đường là **44 km/h**.

**Đáp án là C. 44 km/h**.