Đa dạng sinh học các hệ sinh thái dưới nước ở Quảng Ngãi đang đối mặt với nhiều thách thức. Mặc dù sở hữu hệ thống sông ngòi, đầm phá và vùng biển giàu tiềm năng sinh học, nhưng tình trạng ô nhiễm môi trường do các hoạt động sản xuất công nghiệp và sinh hoạt đang ngày càng nghiêm trọng. Sự suy giảm chất lượng nước, khai thác thủy sản quá mức và biến đổi khí hậu đã tác động tiêu cực đến sự đa dạng sinh vật biển, đặc biệt là các loài san hô, cỏ biển và nhiều loài thủy sản có giá trị. Để bảo vệ và phục hồi hệ sinh thái này, cần có những giải pháp đồng bộ, như tăng cường công tác bảo vệ môi trường, quản lý chặt chẽ các hoạt động khai thác thủy sản và nâng cao nhận thức của cộng đồng về tầm quan trọng của bảo tồn đa dạng sinh học.