- Từ năm 1885-1888: nghĩa quân lo tổ chức, huấn luyện, xây dựng công sự, rèn đúc vũ khí và tích trữ lương thảo.

- Từ năm 1888 đến 1895: là thời kì chiến đấu của nghĩa quân . Dựa vào vùng rừng núi hiểm trở, có sự chỉ huy thống nhất, nghĩa quân đã đẩy lui nhiều cuộc hành quân và càn quét của giặc.

     + Để đối phó Pháp tập trung binh lực và xây dựng một hệ thống đồn, bốt nhằm bao vây, cô lập nghĩa quân. Đồng thời chúng mở nhiều cuộc tấn công quy mô vào Ngàn Trươi.

     + Nghĩa quân phải chiến đấu trong điều kiện ngày càng gian khổ hơn, lực lượng suy yếu dần.

     + Sau khi chủ tướng Phan Đình Phùng hi sinh, cuộc khởi nghĩa được duy trì thêm một thời gian dài rồi tan rã.