Vị trí đứt gãy khác nhau trên NST trong các đột biến cấu trúc NST thường gây nên các hậu quả khác nhau cho thể đột biến vì các gen nằm ở một vị trí xác định trên NST, song chúng đều là nguồn nguyên liệu cho chọn lọc và tiến hóa.

Ví dụ: Đối với đột biến mất đoạn nhiễm sắc thể ở các vị trí đứt gãy khác nhau:

- Đứt một đoạn rất ngắn ở đầu mút thướng ít gây hậu quả nghiêm trọng nhưng đầu mút là nơi ngăn không cho hai gen liên kết với nhau, mất đầu mút có thể làm biến đổi cấu trúc NST nên 2 gen ở 2 cromatit liên kết với nhau.

- Mất đoạn lớn làm mất cân bằng hệ gen trong NST, gen quy định một số kiểu hình bị mất để lại hậu quả nghiêm trọng trên cơ thể.

- Mất đoạn mang tâm động thì NST không thể tồn tại, nó bị tiêu biến trong môi trường nội bào gây nên tình trạng cơ thể bị giảm số lượng NST và cũng để lại hậu quả nghiêm trọng.