Hiện tượng các nhiễm sắc thể tương đồng bắt đôi với nhau có ý nghĩa:

- Các nhiễm sắc thể kép trong cặp tương đồng bắt đôi với nhau suốt theo chiều dọc có thể diễn ra tiếp hợp trao đổi chéo giữa các nhiễm sắc tử không chị em. Sự trao đổi những đoạn tương ứng trong cặp tương đồng đưa đến sự hoán vị của các gene tương ứng, do đó tạo ra sự tái tổ hợp của các gene không tương ứng. Đó chính là cơ sở tạo nên các giao tử khác nhau về tổ hợp nhiễm sắc thể, cung cấp nguyên liệu cho tiến hóa và chọn giống.

- Ngoài ra, sự bắt cặp tương đồng của các nhiễm sắc thể cũng giúp các nhiễm sắc thể trong cặp tương đồng có thể xếp thành 2 hàng song song ở kì giữa I, đảm bảo sự phân li chính xác mỗi chiếc trong cặp nhiễm sắc thể tương đồng đi về 1 cực của tế bào ở kì sau I.