Những lưu ý quan trọng khi thực hiện tách chiết enzyme:

- Nếu nguồn thu enzyme là vi sinh vật, người ta thường thu enzyme ngoại bào trong môi trường nuôi cấy. Đối với nguồn thu là động vật và thực vật thì cần phải phá vỡ cấu trúc tế bào để thu enzyme nội bào. Để thu được enzyme động vật, phải cắt bỏ hết các mô liên kết để đảm bảo khi nghiền tế bào được hiệu quả.

- Quá trình chiết rút và kết tủa enzyme phải thực hiện ở nhiệt độ thấp (3^oC – 5^oC) và thao tác rất nhanh để tránh làm biến tính enzyme.

- Sau khi tách chiết enzyme, chế phẩm thu được vẫn còn lẫn những chất khác như các protein không phải enzyme, nước và các thành phần khác của tế bào, cần chuyển qua giai đoạn thẩm tích dịch tiết.

- Khi tách và làm sạch enzyme, cần chọn và phối hợp các phương pháp khác nhau để xác định phương pháp phù hợp nhất.