Các bước tiến hành trong nghiên cứu sử dụng một số vi sinh vật có tiềm năng phân giải các chất lạ với sinh vật:

- Phân lập các chủng vi sinh vật sống được trong môi trường có chất lạ và giải trình tự hệ gene của chúng.

- Xác định những gene nào trong hệ gene của chúng được biểu hiện và những loại protein nào được tổng hợp.

- Xác định các protein được tổng hợp là các sản phẩm của những quá trình chuyển hóa nào trong các vi sinh vật.

- Xử lí các dữ liệu thu được bằng các phần mềm tin học và thuật toán để tìm ra loại gene quy định sản phẩm trao đổi chất có tiềm năng phân giải hoặc khoáng hóa chất gây ô nhiễm môi trường.

- Chọn lọc hoặc dùng công nghệ di truyền tạo ra các sinh vật chuyển gene hoặc biến đổi gene có khả năng phân giải các chất lạ gây ô nhiễm môi trường.