Dùng phép lai phân tích ta có thể xác định 2 gen nào đó là phân li độc lập hay liên kết với nhau. Nếu kết quả lai phân tích cho tỉ lệ phân li kiểu hình 1 : 1 : 1 : 1 thì hai gen quy định hai tính trạng nằm trên 2 cặp NST khác nhau, còn nếu tỉ lệ phân li kiểu hình là 1 : 1 thì 2 gen liên kết hoàn toàn với nhau. Trường hợp kết quả lai phân tích cho ra 4 kiểu hình với tỉ lệ không bằng nhau trong đó có 2 loại kiểu hình chiếm đa số (trên 50%) thì 2 gen cùng nằm trên 1 NST và đã có hoán vị gen xảy ra.