- Sử dụng vi sinh vật trong xử lí ô nhiễm môi trường dựa trên cơ sở hoạt động phân giải các chất của vi sinh vật. Nhờ đó, vi sinh vật phân hủy các chất gây ô nhiễm như các chất hữu cơ, các kim loại nặng,… có trong môi trường giúp giảm thiểu ô nhiễm môi trường.

- Ví dụ:

+ Sử dụng vi khuẩn Clostridium thermocellum để phân hủy rác hữu cơ.

+ Sử dụng chế phẩm EM (gồm hỗn hợp các vi khuẩn quang hợp, vi khuẩn lactic, vi khuẩn Bacillus subtilis,…) để xử lí bãi rác chôn lấp bằng phương pháp kị khí.

+ Sử dụng chế phẩm Bio-EM chứa các vi sinh vật Bacillus sp., Lactobacillus sp.,… giúp phân hủy các chất hữu cơ như: cellulose, tinh bột, protein, lipid,… có trong môi trường nước.