Hydrogen fluoride là chất có độc tính cao. Với kích thước phân tử nhỏ, HF dễ dàng thấm qua da, đến các mô sâu bên trong cơ thể và phá huỷ chúng. HF phá huỷ các mô xương thông qua việc tạo thành các kết tủa với Ca²⁺ và Mg²⁺ có trong cấu tạo xương; anion F^- từ HF sẽ làm vô hiệu hoá vai trò của một số enzyme trong cơ thể; khi lượng ion F^- lớn, nồng độ calcium trong máu nhanh chóng sụt giảm có thể gây ngưng tim đột ngột. Calcium gluconate là một chất đặc hiệu trong sơ cấp cứu khi cơ thể bị phơi nhiễm với HF. Chất này có thể được sử dụng bằng cách bôi lên vùng da đã tiếp xúc với HF, kết hợp tiêm dưới da, tiêm vào mạch tuỳ vào mức độ ngộ độc.