Trong quy trình ứng dụng công nghệ tế bào không thể thiếu bước chọn lọc các dòng tế bào vì: Trong quá trình thu nhận tế bào hoặc nuôi cấy tế bào sẽ có nhiều dạng tế bào khác nhau do kết quả của quá trình tạo giao tử hoặc do nhiễm khuẩn,.... Vì vậy, cần chọn lọc để chọn những dòng tế bào mang đặc tính mong muốn và đem nuôi cấy để thu nhận sản phẩm.