Một số nguyên nhân có thể dẫn đến việc các tế bào gốc phôi của chuột A không thể biệt hóa:

- Điều kiện môi trường trong cơ thể của chuột B không phù hợp cho tế bào chuột A biệt hóa (bệnh lí, thiếu phân tử tín hiệu,…).

- Xảy ra hiện tượng đào thải do các tế bào miễn dịch của cơ thể chuột B nhận biết các tế bào của chuột A là các kháng nguyên lạ.

- Gene của các tế bào gốc phôi ở chuột A bị sai hỏng nên không xảy ra sự biểu hiện gene.