Vai trò của vi sinh vật:

- Trong xử lí ô nhiễm môi trường đất: Vi sinh vật phân hủy các chất gây ô nhiễm đất như thuốc trừ sâu hóa học; tham gia chuyển hóa các chất trong đất, trung hòa các chất tạo phèn, các muối gây nhiễm mặn, tạo độ thông thoáng cho môi trường đất.

- Trong xử lí nước thải và làm sạch nước: Vi sinh vật phân hủy các chất hữu cơ có trong nước. Trong điều kiện có oxygen, vi sinh vật tham gia vào quá trình oxi hóa, tổng hợp và hô hấp nội bào góp phần chuyển hóa chất hữu cơ trong nước thành sản phẩm cuối cùng là CO2, NH3 và các chất hữu cơ. Trong điều kiện không có oxygen, vi sinh vật tham gia vào quá trình thủy phân, quá trình acid hóa. Phân hủy dầu làm sạch môi tường biển, sông.

- Trong xử lí chất thải: Vi sinh vật xử lí chất thải rắn có thành phần hóa học là các chất hữu cơ, chất thải từ hoạt động nông nghiệp, rác thải hữu cơ sinh hoạt,…tạo thành mùn, khí sinh học.