Tế bào có thể điều hoà quá trình chuyển hoá vật chất thông qua điều khiển hoạt tính của enzyme bằng những cơ chế sau:

- Điều hoà bằng chất hoạt hoá hoặc chất ức chế: Chất hoạt hoá là chất khi liên kết với enzyme ở vị trí xác định sẽ làm gia tăng tốc độ phản ứng. Chất ức chế khi liên kết với cơ chất sẽ ngăn cản enzyme liên kết với cơ chất hoặc làm biến dạng cấu hình enzyme khiến nó không thể liên kết với cơ chất.

- Điều hoà kiểu ức chế ngược âm tính: Đó là khi sản phẩm cuối cùng của chuỗi chuyển hoá tạo ra quá nhiều sẽ quay lại ức chế enzyme xúc tác cho phản ứng đầu tiên của chuỗi chuyển hoá dẫn đến làm ngừng quá trình tổng hợp sản phẩm.

- Điều hoà bằng các yếu tố khác như độ pH, nồng độ enzyme, nồng độ cơ chất.