Quy định về bản quyền và quyền sử dụng phần mềm nguồn mở mà cần có giấy phép cho phần mềm nguồn mở có sự mâu thuẫn. Giấy phép sẽ cung cấp cho người dùng các quyền vốn bị cấm bởi các quy định bản quyền.

- Theo quy định về bản quyền, thì:

+  Các tác giả của phần mềm có quyền bảo vệ chống phần mềm bị sửa đổi gây phương hại đến uy tín và danh dự của tác giả.

+ Nếu là người đầu tư, các tác giả còn giữ cả quyền tạo bản sao, sửa đổi, nâng cấp phần mềm, quyền chuyển giao sử dụng, …

- Theo quy định về quyền sử dụng phần mềm nguồn mở, thì:

+ Được sao chép và phân phối phần mềm, có quyền yêu cầu trả phí cho việc chuyển giao đó nhưng phải thông báo rõ ràng về bản quyền gốc và thông báo miễn trừ trách nhiệm bảo hành.

+ Được sửa đổi và phân phối sửa đổi với điều kiện phải công bố mã nguồn phần sửa đổi, nêu rõ đó bản đã được thay đổi, chỉ rõ các thành phần được thay đổi.