- Giống nhau: Đều trải qua 4 giai đoạn: nuôi trồng và thu hoạch nguyên liệu sản xuất enzyme → Trích li enzyme từ nguyên liệu → Tinh sạch enzyme → Phối chế, đóng gói và bảo quản chế phẩm enzyme. Trong đó, các bước trích li enzyme từ nguyên liệu; tinh sạch enzyme; phối chế, đóng gói và bảo quản chế phẩm enzyme đều diễn ra tương tự nhau.

- Khác nhau:

+ Trong quy trình sản xuất enzyme tái tổ hợp, để tạo nguyên liệu sản xuất enzyme, cần có thêm bước tạo DNA tái tổ hợp mang gene mã hóa enzyme rồi chuyển DNA tái tổ hợp vào dòng tế bào chủ thích hợp.

+ Trong quy trình sản xuất enzyme tái tổ hợp, trước khi trích li, cần kích hoạt biểu hiện gene đích theo các phương pháp khác nhau tùy theo từng loại vector và tế bào chủ biểu hiện gene.