- Ưu điểm: Giảm chi phí tinh sạch enzyme, giảm thiểu sự biến tính của enzyme do tác động của môi trường.

- Hạn chế:

+ Cơ chất cần phải đi qua màng tế bào để vào bên trong tế bào và sản phẩm cần phải đi qua màng tế bào để ra ngoài môi trường dẫn đến tộc độ phản ứng enzyme bị chậm lại.

+ Việc duy trì sinh trưởng của tế bào trong môi trường cũng gặp khó khăn đối với các vi sinh vật sống trong điều kiện khắc nghiệt.