Enzyme được dùng trong các ứng dụng của ngành y dược với những vai trò như:

- Dùng để sản xuất thuốc. Ví dụ: penicillin acylase dùng để sản xuất 6-amino penicillanic acid.

- Dùng để làm chất chỉ thị, chẩn đoán bệnh. Ví dụ: Creatine kinase dùng để chẩn đoán cơn đau tim,…

- Dùng để hỗ trợ tăng hiệu quả của thuốc. Ví dụ: Hyaluronidase được tăng tính dẫn thuốc, làm thuốc hấp thụ sâu vào mô cơ thể,…

- Dùng để làm thuốc trị liệu. Ví dụ: Trypsin được sử dụng để chống viêm, chống phù nề, sưng tấy,…