Vi sinh vật đóng vai trò thực hiện phân giải các hợp chất gây ô nhiễm môi trường thành các phân tử đơn giản, ít hoặc không gây ô nhiễm. Sản phẩm cuối cùng của quá trình phân giải là CO₂, nước và các khoáng chất được tuần hoàn trở lại sinh quyển.