Những trở ngại của trồng cây bằng phương pháp thủy canh khi triển khai:

- Hạn chế chủng loại cây trồng: hệ thống trồng thuỷ canh thường chỉ được sử dụng để trồng các loại rau ăn lá, một số loại rau gia vị và rau ăn quả ngắn ngày (cà chua, dưa chuột, ớt chuông,…); khó có thể đáp ứng được cho các loại cây trồng lâu năm có bộ rễ lớn.

- Đòi hỏi nguồn nước sạch: phải sử dụng nguồn nước đảm bảo tiêu chuẩn nhất định.

- Chi phí đầu tư ban đầu cao: chi phí đầu tư ban đầu cho hệ thống thuỷ canh cao hơn khá nhiều so với mô hình trồng cây truyền thống.

- Đòi hỏi kiến thức chuyên môn, trình độ kĩ thuật cao: để trồng được thuỷ canh, ngoài những kiến thức cơ bản về cây trồng, còn phải có kiến thức về dinh dưỡng, hệ thống cài đặt tự động.

- Khi nhiễm bệnh, lan truyền rất nhanh: khi mầm bệnh đã xuất hiện thì trong thời gian rất ngắn chúng đã lan truyền ở toàn bộ hệ thống trồng thuỷ canh, đặc biệt càng nhanh hơn đối với hệ thống kín hoặc dùng lại dung dịch dinh dưỡng.

- Chất lượng sản phẩm chưa đáp ứng yêu cầu một cách toàn diện: do sử dụng chung một công thức dinh dưỡng cho nhiều loại cây trồng, dẫn đến việc thừa hoặc thiếu về nhu cầu dinh dưỡng cho từng loại cây trồng chuyên biệt. Điều này cần phải có những nghiên cứu thử nghiệm cụ thể để đạt được chất lượng sản phẩm mong muốn.