Người ta chọn canh tác thuỷ canh để đáp ứng nhu cầu phát triển nông nghiệp sạch vì những ưu điểm của mô hình thuỷ canh hoàn toàn đáp ứng được tiêu chuẩn sản xuất nông nghiệp sạch:

- Tiết kiệm không gian: chiếm ít diện tích so với trồng cây trên đất.

- Ít tốn công chăm sóc: hoạt động tự động, do đó tiết kiệm chi phí thuê nhân công và thời gian.

- Tiết kiệm nước: nhờ cơ chế nước tuần hoàn kín trong hệ thống giúp hạn chế tối đa sự bay hơi nước và nước ngấm xuống đất.

- Kiểm soát được các yếu tố tác động tới cây: kiểm soát được các yếu tố trong môi trường sinh trưởng và phát triển của cây như dinh dưỡng, nhiệt độ, độ ẩm, ánh sáng, dinh dưỡng, thành phần không khí.

- Không có cỏ dại, hạn chế sâu bệnh, kiểm soát tối đa thuốc trừ sâu, thuốc bảo vệ thực vật: đảm bảo tốt hơn về vấn đề an toàn thực phẩm.

- Năng suất thu hoạch cao: nhờ chủ động được nguồn cung cấp chất dinh dưỡng và phòng tránh sâu bệnh tốt, có thể tăng vụ, trồng được liên tục quanh năm.

- Đảm bảo chất lượng nông sản: nhờ việc kiểm soát được lượng chất dinh dưỡng và thuốc bảo vệ thực vật giúp sản phẩm thu hoạch có chất lượng, đảm bảo cho sức khoẻ người tiêu dùng.