Phân vi sinh ngày càng được sử dụng rộng rãi trong sản xuất nông nghiệp vì:

- Khi bón vào đất, các vi sinh vật sẽ hoạt động và sản sinh ra các chất dinh dưỡng mà cây trồng có thể hấp thụ (như N, P, K, nguyên tố vi lượng,...) hoặc các hoạt chất sinh học có khả năng phòng trừ sâu bệnh, giúp cải tạo đất nhằm nâng cao năng suất nông sản.

- Phân vi sinh có tác dụng chậm nên người ta thường bón lót khi bón cho các loại cây ngắn ngày hoặc bón bổ sung sau khi thu hoạch đối với cây lâu năm.

- Hơn nữa, phân vi sinh còn thân thiện với môi trường sinh thái, an toàn cho sức khoẻ của con người lao động và người sử dụng nông sản.