Tiêu hóa ở trùng giày là quá trình tiêu hóa nội bào:

(1) Thức ăn được đưa vào tế bào hình thành không bào tiêu hóa.

(2) Không bào tiêu hóa gắn với lysosome, các enzyme của lysosome vào không bào tiêu hóa phân giải các chất dinh dưỡng phức tạp thành các chất đơn giản.

(3) Các chất dinh dưỡng được hấp thu vào trong tế bào chất; chất thải được đưa ra ngoài theo kiểu xuất bào.