Nguyên nhân lây nhiễm theo đường tiêu hoá có thể là:

- Sử dụng nước ô nhiễm chứa mầm bệnh để tưới, rửa rau, củ, quả,...

- Sử dụng dụng cụ chứa đựng, dụng cụ chế biến và bảo quản thực phẩm không được vệ sinh đúng cách.

- Thực phẩm nhiễm khuẩn không được nấu chín: ăn gỏi, tái,…

- Bàn tay tiếp xúc với mầm bệnh nhưng không được vệ sinh sạch sẽ khi chế biến thực phẩm.

- Người chế biến thực phẩm mang mầm bệnh truyền vào thực phẩm khi ho, hắt hơi.

- Sử dụng nguồn nước chế biến thực phẩm bị nhiễm mầm bệnh.

- Thức ăn nhiễm mầm bệnh do không được che đậy khiến cho ruồi, gián, chuột,... mang mầm bệnh tiếp xúc với thực phẩm.