Để lập phương trình dao động điều hòa của một chất điểm, ta sử dụng công thức tổng quát:

\[
x(t) = A \cos(\omega t + \phi)
\]

Trong đó:
- \( A \) là biên độ dao động (2 cm = 0.02 m).
- \( \omega \) là tần số góc, được tính bằng công thức \( \omega = \frac{2\pi}{T} \), với \( T \) là chu kỳ dao động (2 s).
- \( \phi \) là pha ban đầu.

### Tính toán:
1. **Tính tần số góc \( \omega \)**:
\[
\omega = \frac{2\pi}{T} = \frac{2\pi}{2} = \pi \, \text{rad/s}
\]

2. **Pha ban đầu \( \phi \)**:
- Theo bài toán, tại \( t = 0 \), vật đi qua vị trí cân bằng theo chiều dương. Lúc này, \( x(0) = 0 \), và vận tốc \( v(0) > 0 \). Do đó, chọn pha ban đầu:
\[
x(0) = A \cos(\phi) \Rightarrow 0 = A \cos(\phi) \Rightarrow \cos(\phi) = 0 \Rightarrow \phi = \frac{\pi}{2}
\]

3. **Lập phương trình dao động**:
Thay các giá trị vào công thức, ta có:
\[
x(t) = A \cos(\omega t + \phi) = 0.02 \cos(\pi t + \frac{\pi}{2})
\]
Sử dụng tính chất \( \cos(\theta + \frac{\pi}{2}) = -\sin(\theta) \):
\[
x(t) = 0.02 \cdot -\sin(\pi t) = -0.02 \sin(\pi t)
\]

### Kết luận:
Phương trình dao động của chất điểm là:
\[
x(t) = -0.02 \sin(\pi t) \, (m)
\]