Hệ sinh thái tự nhiên của nước ta ngày càng thiếu sự đa dạng vì một số nguyên nhân chính, trong đó có sự tác động mạnh mẽ từ hoạt động của con người. Đầu tiên, việc phá rừng, khai thác tài nguyên thiên nhiên không bền vững đã làm mất đi môi trường sống của nhiều loài động, thực vật quý hiếm. Các hoạt động nông nghiệp như trồng cây công nghiệp (cà phê, cao su) trên diện rộng cũng làm giảm diện tích rừng tự nhiên và thay đổi cấu trúc sinh thái. Thứ hai, ô nhiễm môi trường từ nước thải, khí thải công nghiệp và nông nghiệp làm suy giảm chất lượng đất đai, nước và không khí, ảnh hưởng trực tiếp đến sự sống của các loài sinh vật. Thứ ba, biến đổi khí hậu ngày càng nghiêm trọng cũng là một yếu tố khiến các hệ sinh thái tự nhiên bị tổn hại, như sự thay đổi nhiệt độ và lượng mưa làm thay đổi điều kiện sinh trưởng của các loài sinh vật. Cuối cùng, sự đô thị hóa và phát triển cơ sở hạ tầng nhanh chóng khiến các vùng đất hoang dã, rừng ngập mặn, rừng ngập nước bị thu hẹp, làm giảm đi sự đa dạng sinh học của các hệ sinh thái này. Tất cả những yếu tố trên đã làm mất đi sự cân bằng tự nhiên và khiến sự đa dạng sinh học của hệ sinh thái tự nhiên nước ta ngày càng suy giảm.