Để tìm số cây bút chì còn lại, trước tiên chúng ta cần biết số cây bút chì trong một hộp. Tổng số cây bút chì là 144 cây và có 6 hộp bút chì. Số cây bút chì trong một hộp là:

\[
\text{số cây bút chì trong 1 hộp} = \frac{144}{6} = 24 \text{ cây}
\]

Sau đó, cửa hàng đã bán hết 4 hộp bút chì. Số cây bút chì đã bán là:

\[
\text{số cây bút chì đã bán} = 4 \text{ hộp} \times 24 \text{ cây/hộp} = 96 \text{ cây}
\]

Cuối cùng, để tìm số cây bút chì còn lại, chúng ta sẽ trừ số cây bút chì đã bán từ tổng số bút chì:

\[
\text{số cây bút chì còn lại} = 144 - 96 = 48 \text{ cây}
\]

Vậy cửa hàng còn lại 48 cây bút chì.