Chế độ tổ chức bộ máy nhà nước thời Lý - Trần có nhiều điểm đặc biệt và khác biệt so với các thời kỳ trước đó, đặc biệt là thời Đinh - Tiền Lê. Dưới đây là một số đặc điểm nổi bật:

1. **Cấu trúc chính quyền trung ương**: Thời Lý - Trần, bộ máy nhà nước được tổ chức với hệ thống chính quyền trung ương vững mạnh và có tổ chức hơn. Các chức vụ quan trọng như vua, hoàng hậu, tể tướng, lưỡng bộ (Lại, Hành), giúp việc cho nhà vua được xác định rõ ràng và phân công nhiệm vụ cụ thể.

2. **Sự phát triển của chế độ quân chủ**: Thời kỳ này đã củng cố mạnh mẽ chế độ quân chủ, với quyền lực tập trung vào tay vua. Vua không chỉ là người đứng đầu nhà nước mà còn là người lãnh đạo quân đội và là người bảo vệ tín ngưỡng.

3. **Thiết lập chế độ thi cử**: Các triều đại Lý - Trần đã chính thức hóa thi cử, qua đó tuyển chọn nhân tài cho bộ máy nhà nước. Điều này không chỉ giúp nâng cao chất lượng quản lý mà còn tạo cơ hội cho những người tài giỏi từ khắp nơi trong xã hội.

4. **Xây dựng hệ thống hành chính**: Bộ máy hành chính được củng cố, hệ thống quản lý các địa phương được tổ chức rõ ràng hơn. Các cấp chính quyền từ trung ương đến địa phương (phủ, huyện, xã) được thiết lập để thuận tiện trong việc quản lý đất nước.

5. **Tôn trọng và phát triển văn hóa**: Thời Lý - Trần, nhà nước chú trọng đến văn hóa, tôn trọng trí thức và phát triển văn học, nghệ thuật. Các vị vua như Lý Thái Tổ và Trần Nhân Tông đều có những đóng góp lớn cho văn hóa dân tộc.

6. **Quản lý quân sự**: Nhà nước Lý - Trần có chính sách quân sự rõ ràng, với việc xây dựng các đội quân mạnh mẽ để bảo vệ đất nước khỏi ngoại xâm, đặc biệt là trước các cuộc xâm lược của phương Bắc.

Những điểm khác biệt này cho thấy chế độ tổ chức bộ máy nhà nước thời Lý - Trần đã có sự phát triển và hoàn thiện hơn so với các thời kỳ trước, tạo nền tảng cho sự phát triển của quốc gia và dân tộc trong lịch sử Việt Nam.