Bên cạnh những lợi ích, vi khuẩn phần lớn là những vi sinh vật gây hại đối với con người, đó là do khả năng gây bệnh và lan truyền bệnh của vi khuẩn. Trên cơ thể người không có bộ phận nào mà vi khuẩn từ chối tấn công. Một số loại vi khuẩn có thể gây bệnh ở người, chẳng hạn như bệnh tả, bạch hầu, kiết lỵ, bệnh dịch hạch, viêm phổi, lao, thương hàn, và nhiều bệnh khác.

Nếu cơ thể con người tiếp xúc với vi khuẩn mà cơ thể không nhận ra là hữu ích, hệ thống miễn dịch sẽ tấn công chúng. Phản ứng này có thể dẫn đến các triệu chứng sưng và viêm mà chúng ta thấy, ví dụ, trong một vết thương bị nhiễm trùng.

Vi khuẩn tấn công con người nhờ nội và ngoại độc tố của chúng. Để chống lại vi khuẩn, con người đã tạo ra vô số loại thuốc kháng sinh. Đây là loại thuốc thường được sử dụng để điều trị nhiễm khuẩn. Tuy nhiên, trong những năm gần đây, việc sử dụng kháng sinh không đúng cách và không cần thiết đã thúc đẩy sự lây lan của một số chủng vi khuẩn kháng kháng sinh. Trong trường hợp này, vi khuẩn truyền nhiễm không còn nhạy cảm với kháng sinh hiệu quả trước đây. Vì lý do này, các nhà khoa học và cơ quan y tế đang kêu gọi các bác sĩ không lạm dụng thuốc kháng sinh trừ khi cần thiết và để mọi người thực hành các cách khác để phòng bệnh, như vệ sinh thực phẩm tốt, rửa tay, tiêm phòng.