Các yếu tố có thể dẫn đến thấp còi sớm bao gồm: di truyền có bố mẹ thấp, chế độ dinh dưỡng thiếu hoặc không cân đối, đặc biệt là thiếu canxi cùng vitamin D và MK7 (vitamin K2), lười vận động, thường xuyên ngủ ít, ngủ muộn, dậy thì sớm, mắc 1 số bệnh nhiễmtrùng, do tâm lý sợ béo và giữ eo ở tuổi dậy thì