Enzim trong bảo vệ môi trường có tác dụng xúc tác quá trình phân hủy chất hữu cơ .Như enzim lipase xúc tác cho quá trình phân hủy lipit,proteasa phân hủy protein..
với vì vậy chúng được áp dụng vào thực tế để xử lý rác thải,giảm mùi hôi trong quá trình phân hủy rác hữu cơ...