Có nhiều các loại vi khuẩn khác nhau. Một cách phân loại chúng là theo hình dạng: Hình cầu, hình que, hình xoắn, hình dấu phẩy (phẩy khuẩn), hình sợi....

Cầu khuẩn là những vi khuẩn có hình cầu, nhưng cũng có thể là hình bầu dục hoặc ngọn nến, cầu khuẩn được gọi là cocci, có đường kính trung bình khoảng 1 μm. Cầu khuẩn được chia thành:
Song cầu (Diplococci) là những cầu khuẩn đứng thành từng đôi như phế cầu (Streptococcus pneumoniae), lậu cầu (Neisseria gonorrhoeae).
Liên cầu khuẩn (Streptococci) là những cầu khuẩn đứng thành chuỗi.
Tụ cầu (Staphylococci) là những cầu khuẩn đứng thành từng đám như chùm nho như tụ cầu vàng.
Trực khuẩn: Là tên chung của tất cả vi khuẩn có hình que, kích thước của chúng thường từ 0,5-1,0-4 μm.
Xoắn khuẩn: Là tên gọi của những vi khuẩn có hai vòng xoắn trở lên, kích thước thay đổi 0,5-3-5-40 μm. Xoắn khuẩn đa số thuộc loại hoại sinh, một số rất ít có khả năng gây bệnh.
3. Hình thái và cấu trúc vi khuẩn