Đu đủ đực: Cây chỉ mang toàn hoa đực trên phát hoa. Phát hoa có cuống dài và phân nhánh. Hoa đực không cuống, nhỏ, đường kính 0,4 – 0,5 cm, dài 4-5 cm, không bầu noãn, có 10 nhị đực với hai túi phấn trên mỗi nhị (nhụy cái không phát triển nên không cho trái, sẽ rụng sau khi nở). Trong sản xuất lớn nên chừa trong vườn một số cây đực để cung cấp phấn hoa, giúp táng sự đậu trái cho các cây còn lại trong vườn.

Đu đủ cái: Hầu như cây chỉ mang toàn hoa cái. Hoa cái mọc riêng hoặc từng chùm có 2 – 4 hoa. Hoa dài có bầu noãn lớn 2-3 cm, nuốm nhụy cái lớn, không nhị đực. Hoa cái ít có khả năng tạo trái, chỉ cho một vài trái trên cây do bầu noãn tự phát triển (dạng quả trinh sinh), nhưng các trái này thường nhỏ và không có hột. Cây sẽ cho nhiều trái hơn khi hoa cái được nhận phấn từ cây khác bay tới.