Với mong muốn đánh chiếm nhanh Đà Nẵng, rồi sẽ "giáng cho Huế một đòn quyết định", để có thể làm chủ nước Đại Nam; nhưng ý đồ của Liên quân Pháp và Tây Ban Nha đã không thể thực hiện được, vì vấp phải sự kháng cự của quân và dân nước ấy.

Bị cầm chân ở Đà Nẵng, tướng Charles Rigault de Genouilly[1] buộc phải thay đổi kế hoạch, là rút đi hai phần ba số quân (tức 2.000 người)[2] và 8 trong số 14 chiến thuyền ở mặt trận này để vào đánh chiếm Gia Định.

Mặc dù được giáo sĩ Pellerin khuyên nên đem quân ra chiếm Bắc Kỳ, vì ở đó có giáo sĩ và giáo dân Thiên Chúa giáo, và những người tôn phù nhà Lê nổi lên góp sức, nhưng sau khi cân nhắc, tướng De Genouilly không tán thành.[3]. Theo thư ngày 29 tháng 1 năm 1859 của viên tướng này gửi Bộ trưởng Hải quân Pháp ở Paris, thì "Sài Gòn nằm trên một con sông mà chiến thuyền của chúng ta dễ vào, và hễ quân lên bộ thì đánh thành ngay, không phải lưng cõng, vai mang, băng đồng mệt nhọc. Sài Gòn lại là một vựa thóc. Nhân dân và binh lính ở kinh thành Huế sống một phần nhờ gạo Sài Gòn. Đến tháng Ba thì thuyền chở thóc gạo, sẽ kéo buồm từ Sài Gòn ra Huế. Chúng tôi quyết chặn thóc gạo đó lại..."

Như vậy, việc Pháp chọn mặt trận thứ hai ở Sài Gòn, cũng không nằm ngoài mục đích muốn chiếm đóng và tìm kiếm lợi lộc từ nước Việt. Và nếu không thể "đánh nhanh, thắng nhanh" ở Đà Nẵng được, thì Sài Gòn quả là một địa bàn thuận lợi hơn Hà Nội, bởi ở đây có một hệ thống sông rạch chằng chịt, nhiều sản vật, nhiều của cải và nhiều lúa gạo nhất Đại Nam. Cho nên, De Genouilly mong muốn chiếm lĩnh Sài Gòn để có thể "vừa lập nghiệp, vừa phòng thủ", "vừa hành binh, vừa lưu thông thương mại dễ dàng". Ngoài việc cắt đứt con đường tiếp tế lương thực cho Huế như đã ghi trên, thực dân Pháp sẽ có thêm điều kiện thuận lợi để thực hiện ý đồ làm chủ lưu vực sông Mê Kông, và xa hơn nữa là phía Bắc..